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蛋白互作网络分析(PPI)
1、蛋白互作网络（PPI， Protein-Protein Interaction Networks）分析是SCI文章中常见的重要分析方法，它通过分析蛋白质之间的相互作用关系，揭示生物系统中蛋白质的工作原理、疾病等特殊生理状态下的反应机制以及蛋白之间的功能联系。
2、蛋白互作网络（Protein–protein interaction， PPI network）是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式，它通过将多个蛋白间的相互作用关系以线条连接形成网状结构，帮助我们明确蛋白之间的相互作用，并筛选关键节点蛋白。本文将通过一个实例展示如何使用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白互作网络的绘制和分析。
3、蛋白质互作网络（PPI）在科学研究中扮演着重要角色，它们揭示了蛋白质如何相互作用以执行生物功能。PPI网络分析是科学引文索引（SCI）文章中常见的研究方法，有助于我们理解生物系统的复杂性。
这几个蛋白质数据库,你想要的几乎都有!
1、网址：https：//数据：Uniprot数据库包含了各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列，并整合了很多来自文献中的蛋白及其功能信息。
2、Uniprot 网址：uniprot.org数据：包含各物种的全基因蛋白质序列及详细功能信息，特别是SwissProt子数据库，信息准确且非冗余。Proteinatlas 网址：proteinatlas.org数据：专注于人类蛋白质，提供24，000种人类编码蛋白质在多种组织和细胞中的表达信息。
3、数据：The Human Protein Atlas（人类蛋白质图谱数据库），基于蛋白组学、转录组学以及系统生物学数据，可以绘制蛋白质图谱的数据库。免费提供人类编码蛋白信息的公共数据库，包含24，000种编码人类蛋白质的基因在44个正常组织、18种肿瘤组织、69个细胞系和18种血液细胞的mRNA和蛋白质表达信息。
4、蛋白质数据库有以下多个： PDB蛋白质数据库PDB（Protein Data Bank）是全世界最大的蛋白质结构数据库。它包含了大量的蛋白质三维结构信息，这些结构信息是基于X射线晶体学和核磁共振等实验手段得到的。科研人员可以通过该数据库查询蛋白质的结构、功能以及其他相关信息。
5、UniProt UniProt是全球有关蛋白质方面信息最全面、使用频率高、冗余度最低的蛋白数据库，提供高质量的蛋白序列和功能信息。数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大数据库的数据整合而成。
6、蛋白质数据库主要包括以下几个常用的：UniProt：简介：这是目前最大的蛋白质数据库之一，包含了来自不同生物物种的蛋白质序列、结构、功能等信息。数据来源：包括实验室研究、文献报道、计算预测等多种途径。应用范围：广泛应用于生物信息学、生物学、医学等领域的研究。
利用STRING联合cytoscape画出漂亮的PPI网络图
在cytoscape中绘制PPI网络图 打开cytoscape：下载并安装cytoscape软件（https：//cytoscape.org/）。打开cytoscape软件。导入tsv文件：在cytoscape中，点击“File”菜单，选择“Import”-“Network”-“File...”。
通过以上步骤，我们可以利用STRING数据库和Cytoscape软件绘制PPI网络图。这种方法不仅可以帮助我们直观地了解蛋白质之间的相互作用关系，还可以通过美化网络图来突出关键信息和挖掘潜在的生物学意义。此外，Cytoscape还支持安装插件（如stringApp）来简化从STRING数据库获取数据的过程，进一步提高绘图效率。
完成PPI图的制作：经过STRING网站的初步生成、优化以及Cytoscape软件的美化后，最终呈现出精美且易于分析的蛋白互作网络图。
在生物信息学研究中，STRING网站和Cytoscape软件是构建精美蛋白互作网络图（PPI）的强大组合。首先，登录STRING官网（string-db.org），界面直观易用，左侧列出了输入选项，右侧是蛋白输入框，通常选择“Multiple proteins”处理多个蛋白数据。
String/GeneMANIA两种常用蛋白质网络预测工具数据库简单介绍及操作流程...
STRING是一个广泛使用的数据库和资源，主要用于预测和可视化蛋白质-蛋白质相互作用网络。它结合了实验数据、计算预测以及已知的生物学知识来预测蛋白质相互作用。数据来源 实验验证的相互作用计算预测的相互作用文献挖掘来自其他数据库的信息功能 提供蛋白质之间的直接（物理）和间接（功能）相互作用信息。
官方网站：https：//string-db.org/功能介绍：STRING是一个蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）数据库，它提供了实验数据、预测的相互作用和文本挖掘结果的综合分析。用户可以通过STRING的可视化界面直观地分析蛋白质的相互作用网络，这对于研究蛋白质功能、基因关联和信号传导路径具有重要意义。
TTD和PharmGkb数据库：用于检索疾病相关靶点，提高靶点可信度。GEO数据库及GCBI网站：包含广泛疾病的原始数据，方便进行二次分析，GCBI网站提供在线分析工具。
STRING数据库：蛋白质相互作用关系数据，一次可检索多个基因，结果可信度较高。GENEMANIA数据库：蛋白质相互作用关系数据，一次可检索一个或多个基因，包含实验验证和基因共表达数据预测结果。IntAct数据库：蛋白质相互作用关系数据，一次可检索多个基因，整合多个数据库，但可信度有所降低。
BioGRID、STRING、GENEMANIA、IntAct数据库：提供蛋白质相互作用关系数据，用于构建蛋白互作网络图。DAVID数据库：富集分析的经典数据库，用于对靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析。研究步骤与方法 活性成分的筛选与鉴定利用TCMSP、Pubchem等数据库，检索并筛选特定药物（如中药复方）的活性成分。