关于aspera在linux环境上传测序数据到ncbi数据库的信息
Windows/Linux系统使用sratoolkit(批量)下载SRA数据并用qc生成质量报告...
在Linux系统中，同样可以使用prefetch命令进行下载，但推荐使用aspera进行高速下载，特别是直接下载fastq格式的数据。Aspera的下载速度和效率通常远高于传统的SRA格式下载。
造成我在linux环境下不能使用aspera下载，只好在Windows下，下载了再上传到linux服务器。 工具下载 从ncbi下载sratoolkit工具，打开ncbi.aspera下载，只好在Windows下，下载了再上传到linux服务器。
在Win OS中使用Aspera Connect下载SRA/GEO数据的步骤如下： 获取BioProject Accession并搜索下载链接 获取BioProject Accession：首先，你需要获取目标BioProject的Accession号，例如PRJNA601460。搜索并获取下载链接：利用NCBI或ENA数据库，输入BioProject Accession号进行搜索，找到对应的下载链接。
安装SRA toolkit Linux、MacOS X和Windows系统均支持SRA toolkit的安装。 安装完成后，在Linux环境下，可以通过检查/home/user/path/sratoolkit.x.x.xubuntu64/bin/prefetch是否存在来验证安装是否成功。 使用prefetch工具下载数据 命令格式：prefetch [SRA数据ID]，例如prefetch SRRSRR000001。
aspera安装
1、您可以打开命令提示符（cmd），输入echo %ASPERA_SCP_PASS%和path来验证环境变量是否设置正确。利用Aspera进行数据上传 打开命令提示符 按下Win + R键，打开“运行”对话框。输入cmd，然后按回车键打开命令提示符。切换到Aspera安装目录 使用cd命令切换到Aspera Connect的bin目录。
2、首先，使用wget下载Aspera Connect软件包：wget download.asperasoft.com...然后解压缩下载的文件：tar zxvf aspera-connect-147727-linux-6tar.gz 接下来，运行安装脚本：bash aspera-connect-147727-linux-6sh 安装完成后，检查根目录下是否存在.aspera文件夹，确认安装成功。
3、使用lftp进行下载 安装lftp：首先，你需要通过conda等工具安装lftp。 配置线程数：在配置文件~/.lftp/rc中设置pget的线程数，以提高下载速度。 下载数据：使用get命令下载单个文件，使用mget命令下载多个文件。
Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑
1、数据上传 终于到了最后一步上传数据。根据不同情况可以选择用网页、FTP/Aspera或者亚马逊传输。如果样品少，可以用网页；如果样品多，可以用FTP或者Aspera。这里以FTP上传为例。
2、再来是使用 wget 下载工具，通过在命令行输入 wget 网址，即可自动完成下载过程。获取网址的方法与前面几种相同。最后一种方法是使用 aspera，与 SRA Toolkit 类似，但同样需要进行配置工作，操作流程较为复杂。另外，直接下载 fastq 格式 的测序数据，通过网速测试发现，这种方法的下载速度最快。
3、**填写SRA Metadata**：可以选择线上填写或下载表格填写。确保所有信息正确无误后，继续操作。 **数据上传**：根据数据量大小选择合适的上传方式，如网页、FTP/Aspera 或亚马逊传输。使用FTP上传为例，获取主机地址、用户名、密码及上传文件夹路径信息，使用FileZilla软件上传数据。
4、测序文件上传推荐使用commond line方式，包括Aspera高速上传（需确认单位是否允许）和FTP客户端进行。运行上传命令后，若中途断线，可重新运行命令继续上传。FTP客户端上传时，使用Filezilla软件登录FTP账户，切换至指定的uploads/XXX文件夹进行数据上传。数据上传完毕后，确认无误并提交。
5、然而，对于国内用户，由于网络访问速度限制，下载数据时可能会遇到速度瓶颈。为解决这一问题，欧洲生物信息学研究所（EBI）的ENA数据库及其提供的下载工具成为理想选择。ENA与SRA类似，存储大量测序数据，并提供了高效下载方式。
6、首先，使用wget下载Aspera Connect软件包：wget download.asperasoft.com...然后解压缩下载的文件：tar zxvf aspera-connect-147727-linux-6tar.gz 接下来，运行安装脚本：bash aspera-connect-147727-linux-6sh 安装完成后，检查根目录下是否存在.aspera文件夹，确认安装成功。
干货分享丨SRA数据上传操作指南
1、根据网页提示，分别在“远程站点”创建对应名称的文件夹，并进入，然后将本地数据上传到“远程站点”中。检查（Overview）：SRA网页将会引导您最后检查一遍查看整体信息，确认无误后，随后点击“Submit”按钮。需等待SRA人工审核，数据提交之后会收到邮件反馈，之后可获得BioProject number和BioSample number。最重要的是获得SRA登录号，该账号即可写入文章。
2、**信息录入**：首先，录入个人信息，注意邮箱最好避免使用QQ邮箱或163邮箱，以防上传过程中出现问题。继续进行下一步。 **填写基本信息**：包括General Information、项目信息、BIOSAMPLE TYPE、BIOSAMPLE ATTRIBUTES等。必填项请务必填写，非必填项可以跳过。上传填写好的表格后，继续进行下一步。
3、SRA数据上传指南如下：准备环境和工具：推荐使用FileZilla FTP客户端，它适用于Windows、Mac和Linux平台，功能强大且易于操作。整理数据：文件类型可能包括fasta/fastq、bam等，建议使用Linux命令行将这些文件压缩为.gz格式以节省空间。文件名尽量采用英文字符，便于识别。
4、安装 FTP 软件：为了确保稳定和易于操作的数据上传体验，我们建议您先在电脑上安装 FTP 上传软件。如果您熟悉命令行操作或文件较小，直接在浏览器上传即可。推荐使用 FileZilla，已为您准备安装文件，按照指引完成安装。