2025年string数据库简介(2025年string database)

http://www.itjxue.com  2025-11-09 10:00  来源:sjitjxue  点击次数: 

STRING科普贴:蛋白互作网络构建

1、STRING数据库是一个功能强大、易于使用的蛋白质互作网络构建工具。它提供了丰富的蛋白质互作信息,支持用户进行多种形式的搜索、查看、导出和分析。通过STRING数据库,用户可以深入了解蛋白质之间的相互作用关系,为生物学研究和药物开发提供有力支持。

2、STRING数据库(string-db.org/)是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库,提供实验数据、文本挖掘结果、综合其他数据库数据以及生物信息学预测结果。目前更新到Version 10b,应用范围覆盖2090个物种,包含24,584,628种蛋白和3,123,056,667个蛋白质之间的相互作用。数据库更新中,继续增长。

STRING数据库:蛋白质相互作用(PPI网络)的分析神器~

STRING数据库是一个基于公共数据库和文献信息的综合性蛋白质相互作用网络数据库,它在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。以下是对STRING数据库的详细介绍,包括功能介绍、使用方法和结果解读等方面。

STRING数据库是一个综合性的蛋白质相互作用网络数据库,整合了多个公共数据库,如UniProt、KEGG、NCBI和Gene Ontology,构建了一个全面的蛋白质相互作用网络。数据库提供网络可视化、蛋白质家族、途径和亚细胞定位信息,并配备分析工具,如聚类分析和GO富集分析,以辅助用户深入分析网络。

访问STRING数据库打开STRING数据库官网:https://string-db.org/。该数据库整合了实验验证、文献挖掘、基因共表达及计算预测等多种数据来源,支持多种物种的蛋白质相互作用查询。 输入查询蛋白单蛋白查询:在搜索框中输入目标蛋白名称(如人类中的TP53)或UniProt ID,选择对应物种后提交。

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常用网站介绍|蛋白互作数据库STRING

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1、常用网站介绍:蛋白互作数据库STRING STRING是一个全面且可靠的蛋白互作数据库,它整合了实验数据、PubMed的结果、其他数据库的信息以及生物信息学预测结果,为研究蛋白质功能和互作提供了重要工具。

2、STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)是一个用于检索和分析蛋白质相互作用的在线数据库。

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3、STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)是一个用于分析已知或预测的物种蛋白质互作关系的在线网站。该数据库涵盖了5090种生物的两千四百多万种蛋白质(24584628),是目前很多蛋白质互作数据库中覆盖物种最多、互作信息最大的一个。

4、STRING和GeneMANIA两种常用蛋白质网络预测工具数据库简单介绍及操作流程展示STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)简介 STRING是一个广泛使用的数据库和资源,主要用于预测和可视化蛋白质-蛋白质相互作用网络。它结合了实验数据、计算预测以及已知的生物学知识来预测蛋白质相互作用。

STRING蛋白质相互作用数据库API介绍

1、STRING蛋白质相互作用数据库API介绍: 基本概述: STRING提供应用程序编程接口,使开发者能够编程方式访问其数据库信息,无需图形用户界面。 适用场景: 适用于需要以编程方式访问STRING数据库中特定数据的情况。 也适用于在网页中集成STRING蛋白质相互作用网络的情况。

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2、访问STRING数据库打开STRING数据库官网:https://string-db.org/。该数据库整合了实验验证、文献挖掘、基因共表达及计算预测等多种数据来源,支持多种物种的蛋白质相互作用查询。 输入查询蛋白单蛋白查询:在搜索框中输入目标蛋白名称(如人类中的TP53)或UniProt ID,选择对应物种后提交。

3、在STRING数据库的API介绍界面中,确实存在一个关于network_flavor默认值的错误。经过验证,该默认值并非如界面所述为confidence,而是与STRING数据库的交互界面一致,为evidence。以下是对这一错误的详细分析、纠正过程以及对相关问题的探讨。

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4、批量搜索:可以一次性搜索多个蛋白质,提高搜索效率。API接口:提供了丰富的API接口,允许用户通过编程方式访问Uniprot的数据,实现数据的自动化处理和分析。总结 Uniprot是一个功能强大且易于使用的蛋白质数据库,它提供了全面的蛋白质信息,包括序列、功能、结构、相互作用等。

5、转换方法一:SimpleDateFormat dfymdhms = new SimpleDateFormat(yyy-MM-dd hh:mm:ss);Date dfymdhmsDate = dfymdhms.parse(dateStr);于是dfymdhmsDate的类型就是比较正常的格式了。装换方法二:直接在提示类这边用String 类型去装,然后属性名和数据库对应的字段类型一样。

(责任编辑:IT教学网)

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